Bochnia jest jednym z najstarszych miast Małopolski. Choć mieszkańcy osady warzyli sól już w neolicie, to najstarsza zachowana informacja pisana o Bochni pochodzi z 1198 r. a znajduje się w dokumencie patriarchy jerozolimskiego Monachusa, potwierdzającym nadanie przez rycerza Mikorę Gryfitę - wśród innych dóbr - "sal de Bochegna" - soli z Bochni klasztorowi Bożogrobców z Miechowa. 
Zapewne jeszcze długo Bochnia byłaby jedynie osadą górniczą - prowadzącą co prawda ożywione i rozległe kontakty handlowe (czemu sprzyjało jej położenie przy ważnych szlakach komunikacyjnych) - ale tylko osadą, gdyby nie odkrycie tutaj w 1248 r. soli kamiennej. Było to pierwsze odkrycie soli na ziemiach polskich, toteż uruchomienie wydobycia nie było sprawą prostą, zarówno pod względem technicznym, jak i finansowym. Nastąpiło to w roku 1251. 


W dwa lata później pomny na profity płynące z Bochni, książę Bolesław Wstydliwy wydał w Korczynie 27 lutego 1253 roku akt lokacyjny miasta Bochni z licznymi przywilejami; miasto otrzymało polską nazwę Bochnia, choć w akcie lokacyjnym wymieniono również niemiecką nazwę osady Salzberg - Solna Góra (góra - ówczesna nazwa szybu), a to ze względu na zamieszkujących wówczas w Bochni licznych przybyszów ze Śląska.
Górniczy rodowód Bochni znalazł odbicie w pieczęciach - rady i ławy miejskiej. Na najstarszej zachowanej pieczęci, przywieszonej przy dokumencie z 1364 r. widnieją trzy narzędzia górnicze zwrócone trzonkami w dół. Pośrodku młot dwustronny (tzw. pucka, lub kijania), pod obuchem młota z prawej strony motyka zwana też gracą, z lewej kilof. Części żelazne ozdobione są sześcioramiennymi gwiazdkami. 
Kopalnia przez wieki dawała utrzymanie mieszkańcom miasta i okolicznych miejscowości. W nadziei na dostatnie życie przybywali tu przybysze z odległych miast a także z zagranicy. To właśnie Żupie zawdzięcza swój prężny rozwój bocheńskie rzemiosło, wytwarzające wyroby na jej potrzeby; pierwszy cech powstał w 1316 roku, w latach największej świetności miasta było ich 13. 
Dzięki korzystnemu położeniu miasta przy szlakach handlowych z Zachodu Europy na Ruś i do Azji Mniejszej oraz z Węgier nad Morze Bałtyckie, Bochnia została włączona w międzynarodową wymianę handlową, stając się ważnym ośrodkiem tranzytowym. Wzrostowi zamożności Bochni i jej mieszkańców sprzyjały liczne przywileje książęce i królewskie. W przywileju Bolesława Wstydliwego otrzymała Bochnia uprawnienia jakich nie miało wówczas żadne miasto w Polsce.Poszerzyli je jeszcze Władysław Łokietek i Kazimierz Wielki, któremu Bochnia zawdzięcza największy rozkwit. Za jego panowania wzniesiono ratusz, mury obronne, w 1357 r. powstał szpital - przytułek dla górników, jeden z pierwszych na ziemiach polskich. O wysokim poziomie życia w Bochni świadczyć może fakt, iż już w XV wieku miasto posiadało wodociąg miejski ( tzw. rurmus). 
Niestety wszystkie te świadectwa świetności Bochni i zamożności jej mieszkańców nie przetrwały do naszych czasów. Podczas wojen szwedzkich 1655 - 1657 zrujnowano umocnienia miejskie, kościół parafialny, podupadł ratusz.
Okres największego rozwoju Bochni przypada na XIV - XVI wiek. W XIV i XV wieku zaliczano ją obok Krakowa i Sandomierza do największych miast Małopolski.W wieku XV Bochnia wchodziła w skład Sądu Sześciu Miast Prawa Niemieckiego. 
Dobrobytowi towarzyszył także rozwój kulturalny. W średniowieczu i odrodzeniu tworzyli w Bochni liczni malarze, rzeźbiarze, literaci zatrudniani na miejscu bądź na zamku w pobliskim Wiśniczu. Od XV wieku działała w Bochni szkoła miejska, ściśle związana z uniwersytetem krakowskim. Od XVII w. miasto słynęło z cudownego obrazu maryjnego w kościele dominikanów, do którego pielgrzymowali mieszkańcy Małopolski, Śląska, Spisza i Orawy; działał także klasztor bernardynów. 
Niestety już od drugiej połowy XVI wieku zaczyna się powolny zmierzch świetności Bochni, który później przeradza się w upadek miasta. 
Rozwojem miasta zachwiały pożary, ale najważniejszą przyczyną był regres Żupy, który nastąpił na skutek zaniedbań w eksploatacji złóż oraz rabunkowej gospodarki jej administratorów. 
Wiek XVII był dla Bochni pasmem ciągłych nieszczęść : epidemii, przemarszów wojsk, podpaleń, rabunków. W połowie XVII wieku w Bochni przebywały wojska szwedzkie, łupiąc ją doszczętnie, "dzieła" dokończyły oddziały siedmiogrodzkie Franciszka Rakoczego i później Kozacy, w wyniku czego w 1664 r. w Bochni przetrwały zaledwie 54 domy. 
W owym czasie ogromnie spadł prestiż władz samorządowych tak wcześniej wysoki. W 1709 i 1751 r. miasto nawiedziły kolejne pożary. W 1768 r. Bochnię zajęły oddziały konfederacji barskiej, które wyparte zastały wkrótce przez wojsko królewskie. W tym czasie miasto siedmiokrotnie przechodziło z rąk do rąk. W lutym 1772 roku zajęły Bochnię wojska rosyjskie a w czerwcu tego roku, w wyniku I rozbioru Polski Austriacy, pod rządami których pozostawała do 1918 roku.

Końcem XVIII wieku zlikwidowano oba bocheńskie klasztory (Bernardynów i Dominikanów), rozebrano resztki murów miejskich i ratusz, utworzono cyrkuł bocheński - jednostkę administracji zaborczej,sięgający na wschodzie rzeki Białej pod Tarnowem a na zachodzie graniczący z Krakowem. W 1867 r. cyrkuł stał się (znacznie okrojony) podstawą urworzenia powiatu bocheńskiego. Siedzibą cyrkułu został podominikański budynek (obecne Muzeum im. St.Fischera). 
W lutym 1846 r. w okolicach Bochni miała miejsce krwawa rebelia chłopska przeciwko dworom szlacheckim, zwana rzezią galicyjską. Właśnie w tutejszym urzędzie cyrkularnym znajdował się jeden z głównych ośrodków podżegania chłopów do krwawych wystąpień przeciwko szlachcie. Do cyrkułu zwożono zabitą i ranną szlachtę, kto nie zginął od chłopskiego cepa, kosy lub siekiery, przetrzymywany był w lochach cyrkułu. Za każdego przywiezionego szlachcica miał ponoć starosta bocheński Carl Bernd wypłacać gotówkę. W Bochni zdecydowano o skierowaniu w stronę zajętego przez powstańców Krakowa wojska z garnizonu bocheńskiego, które wraz z bandami chłopskimi dokonały okrutnej rzezi oddziału powstańców pod Gdowem w dniu 26 lutego 1846 r. 
W 1817 roku w Bochni założone zostało gimnazjum, co przyczyniło się do ożywienia intelektualnego miasta. W latach 1822 - 1826 w Bochni miało przejściowo swoją siedzibę biskupstwo tynieckie i seminarium duchowne, co z pewnością również nie pozostawało bez wpływu na ożywienie umysłowe miasta. 
Jednak faktyczne odrodzenie nastąpiło dopiero końcem XIX wieku, do czego niewątpliwie przyczyniło się uruchomienie w 1856 roku linii kolejowej Wiedeń - Kraków - Dębica, przebiegającej przez Bochnię. W tym okresie wybudowano nowe domy, kształtujące reprezentacyjne ulice. W 1908 r. powstał jeden z najnowocześniejszych wtedy wodociągów miejskich w Galicji, w latach późniejszych miasto skanalizowano. Kopalnia soli została zmodernizowana, jednak szybki rozwój konkurencyjnych salin wschodniogalicyjskich spowodował, że nigdy już nie odzyskała swego dawnego znaczenia. 
Bochnia przełomu stuleci kwitła pod względem życia kulturalnego. W 1886 r. powstała pierwsza biblioteka publiczna, gimnazjum osiągnęło bardzo wysoki poziom dydaktyczny działały liczne stowarzyszenia, związki akademickie i inne. W 1913 r. otwarto pierwsze stałe kino. 
Bochnianom nieobce były nurty niepodległościowe. Działalność taką prowadziły różne organizacje, ze Związkiem Strzeleckim na czele. O rozmiarze tych działań może świadczyć ponad dwustuosobowa grupa ochotników, którzy w sierpniu 1914 r. przystąpili do legionów Józefa Piłsudsiego. 
W czasie I wojny Światowej okolice Bochni i samo miasto były terenem walk wojsk austriackich i rosyjskich. Armia rosyjska niechlubnie wpisała się w karty historii miasta licznymi grabieżami i krwawymi mordami na mieszkańcach łupionych terenów. 
Lata międzywojenne zaznaczyły się pewnymi osiągnięciami w gospodarce miasta, które nie zdołały jednak umocnić podstaw gospodarczych Bochni, głównie z powodu kryzysu jaki przeżywała kopalnia ( groziła jej nawet likwidacja). Umocniły swe znaczenie władze samorządowe, choć w latach dwudziestych miały miejsce strajki robotnicze, a w latach trzydziestych chłopskie. 
Sześć lat II wojny światowej to podobnie jak w całym kraju, okres terroru hitlerowskiego. W grudniu 1939 roku miała w Bochni miejsce jedna z pierwszych egzekucji na ziemiach polskich, gdzie okupant zastosował zasadę zbiorowej odpowiedzialności. 16 grudnia 1939 r. Jarosław Z. Krzyszkowski i Fryderyk Piątkowski - członkowie organizacji "Orzeł Biały" wywodzącej się ze wspomnianego już Związku Strzeleckiego dokonali zuchwałego napadu na posterunek policji niemieckiej. W wyniku parugodzinnej walki zabici zostali dwaj policjanci, w tym komendant posterunku, ciężko ranni byli także dwaj Polacy. Następnego dnia obaj zostali powieszeni na słupie latarni przed posterunkiem, a w mieście dokonano aresztowań oraz wyprowadzono z aresztu Sądu Grodzkiego 29 osób z Bochni i okolic, osadzonych tam za drobne wykroczenia. Całą 52 osobową grupę przepędzono z rękami do góry na wzgórze Uzbornia, gdzie grupami zostali rozstrzelani i pochowani w dwóch dołach na miejscu egzekucji pochowano również Piątkowskiego i Krzyszkowskiego, których ciała zdjęto z latarni dopiero po czterech dniach. 
Łapanki, wywóz do obozów koncentracyjnych,deportacje na przymusowe roboty do Niemiec - wszystko to stało się udziałem mieszkańców Bochni i jej okolic, wspomnieć należy także o krwawaj likwidacji getta Żydowskiego w 1943 roku. 
Opisany wcześniej napad na posterunek policji niemieckiej to nie jedyny przykład oporu stawianego okupantowi. W okolicach Bochni działały oddziały Armii Krajowej, Batalionów Chłopskich i innych formacji konspiracyjnych. Na terenie całego powiatu bocheńskiego znakomicie zorganizowane było tajne nauczanie.

.